在药物分析研究领域也有着重要的意义。虽说在药物研发中的杂质研究和药物动力学研究阶段，通常杂质和药代动力学样品的血药浓度的含量很低，分析难度大且干扰多，但液质联用技术由于其选择性强和灵敏度高，可以快速准确地测定药物分析中的痕量物质，且仪器能够对准分子离子进行多级裂解，从而提供化合物的相对分子量以及丰富的碎片信息。

　　二手液质联用仪不仅能够定性定量检测禽畜肉和农作物等食品中的药物残留，提供检测物质的结构信息而且精密度高、重现性好，能够排除假阳性检测结果。液质联用技术能够快速简便地检测肉制品中的氯霉素、氟苯尼考、雪卡毒素等有害物质，特别是在检测农药残留方面快捷有效，故而液质联用在食品安全分析领域也起着重要的作用。

　　除了在上述领域受重视外，在药物代谢及药物动力学研究、临床药理学研究、天然药物(中草药等)开发研究、新生儿筛选、蛋白与肽类的鉴定、残留分析、毒物分析、环保、食品、自来水、卫生防疫等行业也有着发挥着积极的作用。